Единственный источник централизованного хозяйственно–питьевого водоснабжения города - озеро Гусиное, одновременно служит приемником неочищенных канализационных и промышленных сточных вод. Химическое загрязнение превышают нормы в несколько раз, связь между качеством питьевой воды и заболеваемостью кишечными инфекциями установлена. Показатель заболеваемости на 100 тысяч населения превышал средне-республиканские в разные годы от 20 до 60 процентов.
Члены республиканской правительственной комиссии по предупреждению и ликвидации ЧС рекомендовали главе МО «Селенгинский район» Ниме Бадмаеву разработать план первоочередных мероприятий по улучшению водоснабжения Гусиноозерска и завершить строительство специальной обеззараживающей установки.